Berdasarkan PMA No. 12 tahun 2022,
1. Balai Penelitian dan Pengembangan Agama yang selanjutnya disebut Balai Litbang Agama adalah Unit Pelaksana Teknis yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan dan Pendidikan dan Pelatihan.
2. Pembinaan terhadap Balai Litbang Agama dilaksanakan oleh Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan, dan Pendidikan dan Pelatihan.
3. Layanan teknis terhadap Balai Litbang Agama dilaksanakan oleh Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Bimbingan Masyarakat Agama dan Layanan Keagamaan, Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Pendidikan Agama dan Keagamaan, dan Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Lektur, Khazanah Keagamaan, dan Manajemen Organisasi sesuai dengan bidang tugas masingmasing.
4. Layanan administrasi terhadap Balai Litbang Agama dilakukan oleh Sekretaris Badan Penelitian dan Pengembangan, dan Pendidikan dan Pelatihan.
5. Balai Litbang Agama dipimpin oleh Kepala.